Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati...
Kada nemilosrdni gangster i njegovi poslušnici otmu lijepu plavušu, njezin suprug, bivši marinac, zakune se da će ih pronaći i osloboditi svoju suprugu.
U budućnosti će zatvorenici privatnog podzemnog zatvora biti kontrolirani kamerama, čitačima snova i uređajima koji mogu uzrokovati bol ili smrt. John (Christopher Lambert) i njegova nezakonito trudna supruga Karen (Loryn Locklin) zaključani su u 'Tvrđavi', ali su odlučili pobjeći prije...
