Film se nastavlja tamo gdje je završio prethodni, 'Zvjezdane staze II: Khanov bijes'. Nakon Spockova pogreba, posada se vraća kući. Kod kuće saznaju da će njihov brod Enterprise zbog starosti biti povučen iz uporabe. No uskoro kapetana James T. Kirka (William Shatner) posjeti Spockov otac...
Bivši policajac, sada stručnjak za sigurnost, nađe se u smrtonosnoj igri mačke i miša kada se ukrca na let na kojem je i opasni međunarodni terorist. Teroristi preuzimaju kontrolu nad zrakoplovom, a on postaje jedina nada preživjelima. Na tisuće metara iznad tla, on mora iskoristiti sve...
