Nakon međusobne borbe u prvom filmu, mutantski neprijatelji profesor Xavier i Magneto moraju se udružiti da nađu mutanta ubojicu koji je pokušao smaknuti predsjednika dok Mutantsku akademiju napadaju oružane snage.
Dva mutanta, Rogue i Wolverine, dolaze u privatnu akademiju za svoju vrstu čiji se rezidentni superherojski tim, X-Men, mora suprotstaviti terorističkoj organizaciji sa sličnim moćima.
